Проф. Емил Паскалев е специалист по вътрешни болести и по нефрология. Интересите му към нефрологията, хемодиализното лечение, трансплантациите, хроничните и редките бъбречни заболявания датира от началото на медицинската му практика. От 1999г. досега е част от екипа на Александровска болница, като в момента е началник на Клиниката по нефрология и трансплантация. В периода 2012-2020г. е бил ръководител на катедра „Нефрология" на Медицински университет - София. Председател е на Българското нефрологично дружество. Специализирал е в областта на бъбречните трансплантации и нефрологията в Испания, Франция и Германия. Проф. Паскалев има значим принос към окончателното приемане на измененията в Закона за донорството и трансплатациите, с които в България бе разрешено кръстосаното донорство. .